Filips II was woedend toen hij hoorde van het nieuws van de beeldenstorm. Hij vond dat vooral de hoge edelen die namens hem bestuurden niet goed hadden opgetreden om deze wanorde te voorkomen en herstellen. Hij stuurde een leger naar de Nederlanden om orde op zaken te stellen, met aan het hoofd de hertog van Alva. Voordat dat leger er echter was, was de orde en rust in de Nederlanden al enkele maanden teruggekeerd. Alva en zijn legers arriveerden namelijk pas in augustus 1567, een jaar na de beeldenstorm. Door de mensen in de Nederlanden werd de komst van Alva en zijn vele soldaten daarom vooral gezien als een provocatie.

Alva stelde meteen een Raad van Beroerten in, een rechtbank die iedereen die ketter was, of afweek van de politiek van Filips II moest veroordelen en hij nam ook de positie van landvoogd van Margaretha van Parma over. De beroemdste mannen die door deze rechtbank werden veroordeeld waren de graaf van Egmond en de graaf van Hoorne. Duizenden mensen vluchtten naar het buitenland uit angst voor het harde optreden van Alva. Ook Willem van Oranje, die in 1559 nog door Filips II als stadhouder was aangesteld, vluchtte naar het buitenland. Vanuit daar voerde hij vanaf 1568 enkele veldslagen tegen de Spaanse legers, maar echt succesvol waren deze niet omdat het Willem van Oranje aan steun en geld ontbrak.